Uno de los partidos más tristes en la vida de Thuram fue la final del Mundial 2006, cuando perdió por penaltis ante Italia. El lateral tenía como gran objetivo la consecución de su segunda Copa del Mundo, y para ello regresó a la Selección tras haberse ausentado en la fase de clasificación.
El Mundial sirvió para confirmar que pese a sus 34 años, Thuram sigue siendo un portento físico. Sus actuaciones fueron sobresalientes, y Francia llegó hasta el último partido gracias a su defensa. Pero no pudo ser.
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