Su regreso en el 2005 no puede ser mejor. En su primera carrera vence en la etapa reina y confirma que la operación ha quedado totalmente olvidada. Ese mismo año se destapa en abril consiguiendo la tercera plaza en la Vuelta al País Vasco, y la segunda plaza -con una etapa épica en Leysin- del Tour de Romandia.
En el Tour se ve superado por la velocidades de la primera semana y no consigue destacar de manera especial en las jornadas de montaña. aún así alcanza la tercera plaza de los jovenes del Tour.
El 2006 es el año de la Operación Puerto. Su equipo se ve envuelto en está caza y no puede participar en el Tour. Además, en verano mientras prepara la Vuelta a España, sufre una caida en la Vuelta a Burgos y dice adiós a la temporada.
Finalizado el año, Contador decide cambiar de aires. El equipo con el que Armstrong ha dominado el Tour en los últimos años ve en las arrancadas del madrileño un sustituto ideal para convertirle en el nuevo lider del equipo.
En el recuerdo...: