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La gloria cuesta
Sus pasos le llevaron a seguir vinculado al mundo del fútbol y en 2003 fichó por el recién creado equipo de Clarence Seedorf para dar el salto definitivo al Mundial, donde concluiría en la vigésima posición, al tiempo que se proclamaba campeón de España tras sumar cinco victorias consecutivas.
En 2004 continuó en el Equipo Seedorf, concluyendo el Mundial en la séptima posición tras subir al podio en cuatro ocasiones. Aunque la victoria se le seguía resistiendo, se convirtió en una de los claros favoritos para el título mundial de 2005.
Al final fue un año casi para olvidar quizá porque el equipo cambió de Aprilia a Honda y contrató nuevos mecánicos que no supieron encontrar la clave del éxito y dieron con Bautista en el puesto número 15º. Llegaba la hora del cambio.