Álvaro Bautista lleva toda su vida subido en una moto. Con ocho años disputó su primera carrera y tan sólo un año más tarde, siendo alevín, fue subcampeón de Madrid de minimotos, imponiéndose a cadetes y juveniles. A los 11 años se proclamó campeón de Madrid de minimotos. Debutó en la Copa Aprilia de 50cc subiendo al podio y concluyó sexto en la clasificación general, a pesar de haber disputado una carrera menos que el resto de sus compañeros.
En 1998 fue tercero en la Copa Aprilia de 50cc y al año siguiente fue seleccionado por Alberto Puig para la Copa Movistar Activa Joven, en la que se clasificó quinto. En el año 2000 disputó de nuevo la Copa Movistar y aunque se lesionó, consiguió subir al podio y acabar octavo. Fue un año importante para él, porque Alberto Puig le eligió como piloto reserva para el Campeonato de España 125cc. Álvaro comenzaba a pensar que correr iba a ser algo más que una pasión para él.